Université Claude Bernard Lyon 1
Ingénieur de recherche en sciences de l'information géographique (H/F)
Job Location
Bron, France
Job Description
L'Université Lyon 1, en collaboration avec 11 partenaires, coordonne le projet SHAPE-Med@Lyon. Le projet Virome@tlas récemment primé par SHAPEMed@Lyon a comme objectif de développer une plateforme numérique dédiée à la surveillance de la virosphère. Ce projet fortement interdisciplinaire est porté par le PRABI-AMSB, le laboratoire du CNRS Environnement Ville et Société du CNRS et l'Université Lumière Lyon2, le Centre International de Recherche en Infectiologie (HCL, plateforme GENEPII) et le laboratoire IVPC , en partenariat avec le laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive et l'Institut Français de Bioinformatique (NNCR cloud). Le projet Virome@tlas recrute un ingénieur de recherche en géomatique (BAP D, Sciences de l'information géographique) au sein de la plateforme OMEAA (Observation et Mesure des Environnements Actuels et Anciens) de l'Université Lyon2.
Description du poste :
Les missions seront :
1) de construire une base de données spatiales à partir des données massives de
métagénomiques issues de SRA (NCBI),
2) de construire un outil de géo-visualisation de ces données spatiales et
3) de concevoir et conduire des analyses à large échelle (ex. nationale à globale) à partir d'études de cas visant à explorer la virosphère en collaboration avec des virologues, géographes et bioinformaticiens.
Le projet vise à développer des outils de surveillance de la virosphère afin, d'anticiper ou de prévenir des situations épidémiques. La personne recrutée aura donc pour objectif de développer des chaines de traitement allant de l'extraction jusqu'à l'analyse des données. Ces chaines devront mobiliser des données géoréférencées, des images satellites (ex. multispectrales, topographiques, hydroclimatiques) et des bases de données spatiales accessibles gratuitement. Les traitements proposés devront être reproductibles (Python, notebook Jupyter) et menés en étroite collaboration avec le consortium et un IR en bioinformatique.
Activités principales :
* Construire une base de données métagénomiques géoréférencées à partir de la base SRA du NCBI
* Concevoir des méthodes d'analyse à large échelle
* Implémenter des chaines de traitements de données de métagénomiques géoréférencées
* Croiser les données de métagénomiques avec des images satellites et bases de données spatiales existantes
* Développer une plateforme de géovisualisaton en relation avec des informaticiens et bioinformaticiens du projet.
* Diffuser et valoriser les produits de la recherche au sein de SHAPE-MED, dans des colloques et des revues internationales
* Transmettre le savoir faire au sein du consortium interdisciplinaire.
* Accompagner les étudiants géomaticiens impliqués dans le projet Viromatlas
* Organiser des ateliers au sein du consortium pour favoriser les dialogues interdisciplinaires par la géovisualisation
* Exercer une veille scientifique sur les recherches en géomatique qui traitent de la métagénomique.
Conditions particulières d'exercice : Poste basé à Porte des Alpes de l'Université Lumière Lyon2, laboratoire CNRS EVS
L'Université Claude Bernard Lyon 1 est une université pluridisciplinaire. Elle déploie son activité sur 13 sites. Elle compte près de 46 000 étudiants/étudiantes et emploie 4 900 personnels.
L'Université Lyon 1 propose, depuis plus de 50 ans, une formation d'excellence et une recherche de pointe. En tant qu'employeur responsable, l'Université Lyon 1 s'engage à favoriser la qualité de vie au travail, l'inclusion professionnelle et l'innovation individuelle et collective.
Location: Bron, FR
Posted Date: 9/20/2024
Description du poste :
Les missions seront :
1) de construire une base de données spatiales à partir des données massives de
métagénomiques issues de SRA (NCBI),
2) de construire un outil de géo-visualisation de ces données spatiales et
3) de concevoir et conduire des analyses à large échelle (ex. nationale à globale) à partir d'études de cas visant à explorer la virosphère en collaboration avec des virologues, géographes et bioinformaticiens.
Le projet vise à développer des outils de surveillance de la virosphère afin, d'anticiper ou de prévenir des situations épidémiques. La personne recrutée aura donc pour objectif de développer des chaines de traitement allant de l'extraction jusqu'à l'analyse des données. Ces chaines devront mobiliser des données géoréférencées, des images satellites (ex. multispectrales, topographiques, hydroclimatiques) et des bases de données spatiales accessibles gratuitement. Les traitements proposés devront être reproductibles (Python, notebook Jupyter) et menés en étroite collaboration avec le consortium et un IR en bioinformatique.
Activités principales :
* Construire une base de données métagénomiques géoréférencées à partir de la base SRA du NCBI
* Concevoir des méthodes d'analyse à large échelle
* Implémenter des chaines de traitements de données de métagénomiques géoréférencées
* Croiser les données de métagénomiques avec des images satellites et bases de données spatiales existantes
* Développer une plateforme de géovisualisaton en relation avec des informaticiens et bioinformaticiens du projet.
* Diffuser et valoriser les produits de la recherche au sein de SHAPE-MED, dans des colloques et des revues internationales
* Transmettre le savoir faire au sein du consortium interdisciplinaire.
* Accompagner les étudiants géomaticiens impliqués dans le projet Viromatlas
* Organiser des ateliers au sein du consortium pour favoriser les dialogues interdisciplinaires par la géovisualisation
* Exercer une veille scientifique sur les recherches en géomatique qui traitent de la métagénomique.
Conditions particulières d'exercice : Poste basé à Porte des Alpes de l'Université Lumière Lyon2, laboratoire CNRS EVS
L'Université Claude Bernard Lyon 1 est une université pluridisciplinaire. Elle déploie son activité sur 13 sites. Elle compte près de 46 000 étudiants/étudiantes et emploie 4 900 personnels.
L'Université Lyon 1 propose, depuis plus de 50 ans, une formation d'excellence et une recherche de pointe. En tant qu'employeur responsable, l'Université Lyon 1 s'engage à favoriser la qualité de vie au travail, l'inclusion professionnelle et l'innovation individuelle et collective.
Location: Bron, FR
Posted Date: 9/20/2024
Contact Information
| Contact | Human Resources Université Claude Bernard Lyon 1 |
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